集群和节点的概念：

集群(cluster)就是一组计算机，它们作为一个整体向用户提供一组网络资源。其中单个的计算机系统就是集群的节点(node)【即集群的基本单位是节点】。一个理想的集群是，用户从来不会意识到集群系统底层的节点，在他/她们看来，集群是一个系统，而非多个计算机系统。并且集群系统的管理员可以随意增加和删改集群系统的节点。

集群优越性：

使用集群起源于其良好的性能可扩展性(scalability)。提高cpu主频和总线带宽是最初提供计算机性能的主要手段。但是这一手段对系统性能的提供是有限的。接着人们通过增加CPU个数和内存容量来提高性能，于是出现了向量机，对称多处理机(SMP)等。但是当CPU的个数超过某一阈值，像SMP这些多处理机系统的可扩展性就变的极差。主要瓶颈在于CPU访问内存的带宽并不能随着CPU个数的增加而有效增长。因此，集群的优势显现出来了，集群系统的性能随着CPU个数的增加几乎是线性变化的。下图显示了这种情况：

其它优势：

1. 高可用性:集群中的一个节点失效，它的任务可以传递给其他节点。可以有效防止单点失效。
2. 高性能:负载平衡集群允许系统同时接入更多的用户。
3. 高性价比:可以采用廉价的符合工业标准的硬件构造高性能的系统。

了解了集群和节点的概念后，就是使用了。

在服务器提交任务之前应养成看节点占用情况的习惯，然后将任务提交到free的节点，避免任务一直在队列中等待的情况，查看占用情况有下面两种方式。

我们首先使用SGE集群管理系统在登录节点【登录节点一般就是你登录的节点】投递任务，SGE接收到任务后会将任务储存至一个指定区域，随后将任务投递至一个计算节点运行，运行结束后将结果返回。这样我们我们在登录节点投递任务后，就可以关掉电脑做其他事，SGE会把我们的任务安排在计算节点里执行。

## 投递任务
qsub -cwd -l vf=*G,p=n,h=node -q bc_rd.q -P RNAProj -binding linear:2 *.sh

-cwd：在当前目录下执行任务，同时，SGE的运行日志也会输出在当前目录

-l：申请所需的资源。vf=*G设置任务预计使用的内存大小（一般设置的值要稍微大一些，负责容易让节点挂掉），p=n设置所需的CPU数[一个cpu核心数对应一个线程]，h=node设置任务指定投递的节点名称。日常使用时，并不是每次都要设置这三个参数，大家可以根据自己的需要自行删减。

-q：指定任务要投递到队列名称。

-P: 指定将此作业分配给的项目。如果管理员向你及部分其他用户授予向特定项目提交作业的权限，那么需要增加这一参数。

-binding linear:2 #将作业绑定到处理器核心

*.sh：需要投递的任务，建议在脚本前加上完整路径。

输入这条命令，我们的任务就投递到服务器上啦！

任务投递成功后，我们可以使用"qstat "查询任务的状态。

## 查看任务状态
qstat
## 查看指定任务状态
qstat -j job-ID
## 删除任务
qdel job-ID
## 查看计算节点资源状况信息
qhost

job-ID：任务号

qstate：任务状态。一般会有以下情况，"qw"代表任务在等待执行状态，"r"代表任务正在执行，"s"代表任务暂时挂起，"dr"代表任务所在的计算节点挂了，需要联系管理员重启节点。任务还有其他状态，大家具体遇到时可以查询一下。

queue：任务所在的队列及计算节点。如图所示，代表任务被投递在了"rna"队列的“cu-0029"队列上。

qhost：使用该命令可以查看计算节点的资源状况，方便我们选择任务投递的队列和节点。

qdel ：删除任务 qdel jobid   #可同时删除多个，如qdel jobid1 jodid2

qdel -u username #删除某用户所有任务

qhold命令：挂起qw的任务 ,qhold jobid

qhold -u *

qrls jobid #恢复

qmod命令：挂起running中的任务, qmod -sj jobid

qmod -usj jobid #恢复

如果未提交到SGE系统，直接运行的命令用kill -STOP pid 挂起，用kill -CONT pid恢复。