不需要prefetch（SRA-Toolkits里面的插件），prefetch已经不能和aspera联用,网上很多教程都已经过时。直接下载Aspera就好。当年的prefetch -t ascp -a 的组合，据说是直接把accession id给它就可以直接下载了。目前要自己找到Link而且还要改格式。
一定优先使用EBI进行下载，根据NCBI提供的 accession number在EBI中搜索 (文献中一般都会给出accession number）https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home
(base) vip08@bio1:~/xu_rna_seq$ cat info.txt fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR289/008/SRR2891298/SRR2891298_1.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR289/008/SRR2891298/SRR2891298_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR289/009/SRR2891299/SRR2891299_1.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR289/009/SRR2891299/SRR2891299_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR289/000/SRR2891300/SRR2891300_1.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR289/000/SRR2891300/SRR2891300_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR289/001/SRR2891301/SRR2891301_1.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR289/001/SRR2891301/SRR2891301_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR289/002/SRR2891302/SRR2891302_1.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR289/002/SRR2891302/SRR2891302_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR289/003/SRR2891303/SRR2891303_1.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR289/003/SRR2891303/SRR2891303_2.fastq.gz
批量下载
(base) vip08@bio1:~/xu_rna_seq$ cat asperaDownload.sh #!/bin/bash for i in `cat info.txt` do ascp -vQT -k1 -l 400m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@${i} ./ done #-v(详细模式) #-Q(用于自适应流量控制，磁盘限制所需) #-T(取消加密) #-k1(断点重连) #-l(限速) #-P (用于SSH身份验证的TCP端口,一般都是P33001) #-i (密钥路径)
