简介
最近写论文所需要的代码时,由于数据模拟时,数据变化导致求单位根或者参数估计时出现异常情况。
如果你需要将这些错误隐藏或者将其赋值为 NA,需要如何处理呢?本文是小编出现该问题时,所整理记录的笔记。主要参考:1[1],2[2],3[3]。
本文框架
- 简介
- 本文框架
- tryCatch() 及其拓展
- 其他 R 包中类似功能函数
- purrr::possibly()
- 小编有话说
tryCatch()
及其拓展
tryCatch()
函数可以用于捕捉代码执行时可能发生的错误或异常,并提供对错误/异常的处理。的基本语法如下:
tryCatch({ # 执行可能会出错的代码块 }, error = function(e) { # 处理错误的代码块 }, warning = function(w) { # 处理警告的代码块 }, finally = { # 执行无论是否有错误都会执行的代码块 })
其中,tryCatch()
函数的第一个参数是要执行的代码块。如果在执行过程中出现错误或警告,tryCatch()
函数会调用相应的处理函数(error 和 warning)。在处理函数中,可以编写自定义的代码来处理错误或警告。此外,还可以使用 finally
参数指定无论是否发生错误或警告,都会执行的代码块。
简单例子:演示了如何使用 tryCatch()
函数来处理错误:
# 定义一个除法函数 my_divide <- function(x, y) { x/y } # 尝试对函数进行除以0的操作 result <- tryCatch({ my_divide(1, 0) }, error = function(e) { # 处理除以0错误的代码块 cat("Error:", e$message, "\n") }, warning = function(w) { # 处理警告的代码块 cat("Warning:", w$message, "\n") }, finally = { # 执行无论是否有错误都会执行的代码块 cat("Finally block executed\n") }) print(result)
在这个例子中,my_divide()
函数会尝试将两个参数相除。由于第二个参数为 0,因此会出现除以0的错误。tryCatch()
函数会捕捉到这个错误,并调用 error 参数中定义的处理函数来处理该错误。在处理函数中,我们使用 cat()
函数输出错误消息。最后,finally
参数中的代码块也会被执行。
在R语言中,除了tryCatch()
函数之外,还有几个类似的函数可用于处理错误或异常:
try()
函数:与tryCatch()
函数类似,都可以用于捕捉代码执行时可能发生的错误或异常。但是,与tryCatch()
不同的是,try()
函数只能处理错误,无法处理警告。另外,try()
函数会返回一个特殊的对象,而不是像tryCatch()
函数那样在处理函数中提供更多的灵活性。withCallingHandlers()
函数:可以用于在执行代码时拦截和处理警告和错误信息。与tryCatch()
和try()
函数不同的是,withCallingHandlers()
函数可以指定不同类型的处理程序来处理警告和错误信息。tryCatchLog()
函数:一个扩展的tryCatch()
函数,可以将错误或警告信息写入日志文件中,以便后续分析。tryCatchList()
函数:可以用于将多个tryCatch()
语句组合成一个列表,以方便同时处理多个错误或异常情况。
总的来说,tryCatch()
函数是处理错误或异常情况的主要函数,但如果需要处理警告或将错误信息记录在日志中,则可以使用其他类似的函数来扩展其功能。
其他 R 包中类似功能函数
R语言社区中还有很多其他的包提供了类似的函数,扩展了 R 的错误和异常处理功能。以下是一些常用的包及其提供的函数:
purrr
包中的possibly()
函数:可以将一个可能会出错的函数转换为一个默认返回 NA 值的函数,从而避免函数执行过程中的错误导致整个代码块中断。该函数也提供了一些控制错误处理的选项,例如可以指定默认返回值或自定义错误消息等。assertthat
包中的断言函数:assertthat
包提供了一系列断言函数,可以在代码中插入检查点来确保变量或条件符合特定的规范或预期。这些函数会在变量或条件不符合规范时抛出错误或异常,从而帮助开发人员及早发现问题。testthat
包中的测试框架:该包是一个基于单元测试的框架,可以帮助开发人员编写测试用例来测试函数的输出是否符合预期,以及是否存在潜在的错误或异常情况。该框架还提供了一些辅助函数,例如expect_warning()
和expect_error()
等,可以测试代码中是否会产生警告或错误信息。plyr
包:提供了一些用于数据分组处理的函数,如ddply()
、adply()
等,在执行过程中遇到错误时,会自动将出错的子集剔除,然后继续执行。
purrr::possibly()
可以使用purrr
包中的possibly()
函数来处理这些错误,例如将错误值替换为默认值。
简单例子,演示如何使用 possibly()
函数来处理除以 0 的错误:
library(purrr) # 定义一个可能会出错的函数 divide_by <- function(x, y) { x / y } # 使用 possibly() 函数将函数转换为默认返回值为 NA 的函数 safe_divide_by <- possibly(divide_by, otherwise = NA) # 对于除以0的情况,函数会返回默认值 NA,而不会报错 safe_divide_by(10, 0) #> [1] NA # 对于非除以0的情况,函数会返回正确的值 safe_divide_by(10, 5) #> [1] 2
在上面的例子中,我们定义了一个 divide_by()
函数,用于计算两个数的商。但是,如果第二个参数为0,则会出现错误,从而导致整个代码块中断。
为了避免这种情况,我们使用 possibly()
函数将 divide_by()
函数转换为默认返回 NA 值的函数 safe_divide_by()
。这样,在除以0的情况下,safe_divide_by()
函数会返回 NA 值,而不会中断代码块的执行。同时,在其他情况下, safe_divide_by()
函数会返回正确的计算结果。
小编有话说
- 本文属于小编科研时整理的笔记,仅供参考。
参考资料
[1]
1: https://www.r-bloggers.com/2020/10/basic-error-handing-in-r-with-trycatch/
[2]
2: https://purrr.tidyverse.org/
[3]