学习：Linux & Mac 安装R程序和R语言包

最近新接手了语音报表工作，需要用R语言来进行语音报表系统的开发。作为一个初次接触R的小白，第一步便是在Linux服务器上安装R程序和R语言包，踩了很多坑，痛定思痛，在此写下Linux安装R程序和R语言包的过程，给大家参考。

安装R程序包

R安装包下载地址

./configure --prefix=<YOUR_R_HOME> --with-readline=yes --with-libpng=yes --with-x=no
make
make install

参数解释:
prefix 指定R安装目录，需要绝对路径，默认安装在R源代码目录下，建议指定特定目录，后续好维护。
with-readline 使用系统的readline库，如果系统上没有libreadline，此选项填“no”,但是强烈推荐使用此选项，否则编译出来的R极其难用。如何安装libreadline，参见这里。安装好libreadline后，但是R配置时找不到，可能是libreadline.so没有在系统目录（如/usr/local/lib）中，参见这篇文章排查问题。
with-libpng 使用系统的libpng库，用于导出png图片，libpng下载地址，参见这里。
with-x 表示是否使用X-Windows系统，也就是类Unix操作系统的GUI，由于我的服务器是没有安装这个的，所以这一项选择”no”（一般的服务器也不会安装这个）。

安装R语言包

R的包（package）通常有两种：

• binary package：这种包属于即得即用型（ready-to-use），但是依赖与平台，即Win和Linux平台下不同。
• Source package: 此类包可以跨平台使用，但用之前需要处理或者编译（compiled）。

由于在生产机上，所以采用packages source安装，安装命令为：

# R CMD INSTALL /.../myPackage.tar.gz

R语言包官方下载地址

安装RODPS

R的使用

.libPaths()：查看包的安装目录
library()：查看已经安装的包目录
installed.packages()：查看已安装包信息
library(mypackage)：载入mypackage包
getOption("defaultPackages")：查看启动R时自动载入的包。
help(package = 'mypackage')：查看‘mypackage’的帮助
args(function)：查看函数的参数
example(function)：自动运行该函数帮助文档中的例子，很赞！
demo("package")：展示一些包中demostration，需要再看下？？
vignette('mypackage')：有的包，特别是bioconductor的包有vignette，用函数查看
openVignette('mypackage')：这个函数也可以查看vignette，更好用一些
RSiteSearch("helpinfor")：搜索R网站上的“helpinfor”相关信息
help.start()：查看已经安装包的详细HTML文档，这个命令非常爽。
更新：
search()：查看当前载入的包
sessionInfo()：查看R中载入的包
Sys.getenv("R_HOME")：查询R HOME安装地址
Sys.getenv("HOME")：查询用户HOME地址
methods()：查看某个S3泛型函数中所有的方法或者一个类中所有的方法（S3：S version 3）
showMethods(class = "myClass")：查看S4类的方法
findMethods("myMethods")：查看method的代码
class(myObject)：查看某个对象的类
getClass(“class/package”)：查看某个class或者包的具体内容
getSlots("class")：查看某个class的slot
slotNames(MyObject)：查看某个对象的slot。

FAQ

问题：

• Quitting from lines 94-122 (rp_tts.Rmd)
  Error in strsplit(unitspec, " ") : non-character argument

Calls: ... fullseq.Date -> seq -> floor_date -> parse_unit_spec -> strsplit
Execution halted

解决办法：

• 参考此处，将breaks改为date_breaks。

参考资料：

http://yulongniu.bionutshell.org/blog/2010/09/04/linux-install-r/
http://www.cnblogs.com/bourneli/p/3300887.html