二级医院的HIS系统是信息化的核心，通常由一系列相互关联的子系统构成，覆盖了医院绝大部分的业务流程。
不同厂商的HIS系统在模块划分和命名上可能略有差异，但核心功能是相通的，以下是二级医院HIS系统通常包含的子系统。

一、 核心业务系统（面向诊疗流程）

这些是HIS系统最核心、最基础的部分，直接支撑门诊和住院的日常诊疗工作。

1、门诊管理系统
挂号预约子系统：支持现场挂号、预约挂号（电话、网络、微信等）、分时段预约、号源管理。
门诊医生工作站：医生开具电子处方、电子申请单（检验、检查）、书写门诊病历、查询患者历史就诊信息。这是门诊的核心。
门诊收费子系统：完成划价、收费、结算、医保实时报销、发票打印等功能。
分诊叫号子系统：与挂号系统联动，对候诊患者进行有序的分诊和语音、屏幕叫号。

2、住院管理系统
住院登记子系统：办理患者入院手续，分配床位，收取预交金。
住院医生工作站：医生下达医嘱、书写和管理住院病历（病程记录、手术记录等）、开具检验检查申请、查询结果。
护士工作站：执行医嘱、排班管理、床位管理、费用记账、护理记录书写等。是住院部护士的核心工作平台。
住院收费子系统：办理出院结算、费用审核、医保结算、欠费管理等。

3、电子病历系统
虽然常被视为一个独立系统，但深度集成于HIS中。包含住院电子病历和门诊电子病历，提供结构化的病历模板，规范医疗文书书写。

4、药品管理系统
药库管理子系统：药品的采购、入库、出库、库存管理、效期预警、药品基本信息维护。
门诊药房管理子系统：接收电子处方，进行配药、发药、库存管理。
住院药房管理子系统：处理长期医嘱和临时医嘱的摆药、发药（包括口服药、注射剂等）、科室基数药管理。
合理用药监测子系统：集成在医生工作站，对处方进行药物相互作用、禁忌症、剂量等自动审查。

二、 医技科室系统

这些系统处理来自临床科室的检验和检查申请，并返回结果。

1、实验室信息系统
与检验科的自动化仪器对接，自动接收申请、采集检验数据、生成并审核报告，医生工作站可实时查询结果。

2、医学影像存档与传输系统
虽然也是一个独立的大系统，但与HIS深度集成。负责接收检查申请（如CT、MRI、DR）、存储医学影像、生成诊断报告，并供临床医生调阅。

3、放射科信息系统
管理放射科的日常工作流程，如登记、分诊、报告书写、工作量统计等，常与PACS紧密结合。

4、其他医技子系统：如心电图信息系统、病理信息系统、内镜信息系统等，功能类似，负责特定检查科室的信息化管理。

三、 管理与支持系统

这些系统支撑医院的行政、财务和物资管理。

1、财务与经济管理系统
物价管理子系统：维护医疗服务项目和药品的收费标准。
财务接口子系统：与医院的通用财务软件对接，自动生成凭证。
成本核算子系统：进行科室成本、项目成本核算。

2、物资与资产管理系统
物资材料管理子系统：管理低值易耗品、卫生材料的采购、库存和领用。
固定资产管理子系统：管理医院的设备、家具等固定资产，包括入库、折旧、维修、报废等。

3、人力资源管理系统
管理医院员工的基本信息、排班、考勤、绩效等，通常与HIS有接口，用于权限分配和绩效核算。

四、 综合查询与决策支持

1、综合查询与统计子系统：为医院管理层、科室主任提供实时或定期的业务数据报表，如门诊量、住院人数、手术量、收入等。
2、病案管理子系统：完成出院病案的归档、编码（ICD-10）、翻拍、借阅等管理，为医疗统计和科研提供数据基础。
3、院长决策支持系统：基于以上所有系统的数据，进行深度挖掘和分析，以图表等形式为医院领导提供决策依据。

五、 平台与接口

1、系统管理与权限控制子系统：管理所有用户、角色和权限，是系统安全的基础。
2、医保接口子系统：与各级医保平台对接，实现医保患者的在线身份验证、费用上传和实时结算。这是目前国内医院的“标配”和关键子系统。
3、第三方系统接口：与区域卫生信息平台、公共卫生系统（如传染病直报）等外部系统进行数据交换。

随着技术发展，现在的趋势是构建一体化的医院信息平台，以取代传统的“烟囱式”子系统建设，通过ESB（企业服务总线） 等技术实现各系统间更高效、更标准的数据交换与业务协同。