如何用vcftools从VCF文件中提取某条染色体信息

vcftools --gzvcf input.vcf --chr n --recode – recode-INFO-all --stdout | gzip -c > output.vcf.gz

说明：

–gzvcf：处理压缩格式的vcf文件（可替换为–vcf）

–chr n：选择染色体n，例：–chr 1

–recode：重新编码为vcf文件,有过滤操作都要加上--recode

–recode-INFO-all：将输出的文件保存所有INFO信息

–stdout：标准输出，后接管道命令

–gzip -c：压缩

output.vcf.gz：将结果输出到output.vcf.gz

--max-missing

--max-missing的取值是0-1，为1时表示某个位点上所有的样本必须都有基因型，一个样本的基因型都不能缺。所以这个选项可以理解为：能分型的样本占总样本的比例至少为多少。

基本的思想就是利用数据流重定向，把原来输出到屏幕上的数据定向">"到文件里