进阶干货|一文剖析PolarDB列存索引(IMCI)如何实现极致TopK查询性能?

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云原生数据库 PolarDB 分布式版,标准版 2核8GB
云数据库 RDS MySQL Serverless,0.5-2RCU 50GB
简介: PolarDB列存索引(IMCI)如何实现极致TopK查询性能

作者简介

余南龙(花名:顾绅),来自阿里云瑶池数据库-PolarDB新型存储引擎组,从事PolarDB列存索引(In Memory Column Index,IMCI)的研发工作,有任何问题和咨询请发邮件至:nanlong.ynl@alibaba-inc.com。


导读

在海量数据上求TopK是一个很经典的问题,特别是衍生出的深翻页查询,给分析型数据库带来了很大的挑战。在本文中,我们将介绍云原生关系型数据库PolarDB的列存索引(In Memory Column Index,IMCI)特性如何应对这样的挑战,并最终在性能上显著领先单表查询性能优异的ClickHouse。


1.背景

业务系统中普遍存在这样一种场景:根据给定条件筛选一批记录,这些记录按用户指定的条件排序,以分页的方式展示。例如,筛选出某个商家在售的商品,按商品销量排序,以分页的方式展示。

上述场景,反映在数据库上,往往以ORDER BY column LIMIT n, m这样的TopK查询实现。例如,假设业务系统中每页展示100条记录,可以通过ORDER BY column LIMIT 0, 100来展示第1页,通过ORDER BY column LIMIT 1000000, 100来展示第10001页。

在没有索引的情况下,这样的查询在数据库中往往通过很经典的基于堆的TopK算法来实现:在内存中维护一个大小为K的堆,堆顶为当前排在第K位的记录,算法执行过程中会实时维护这个堆,保证堆中的记录始终是排在前K位的。当翻页较浅时(如上文中展示第1页),K较小,上述基于堆的TopK算法非常高效。

然而,业务场景中也存在翻页较深的场景(下文中我们简称“深翻页”),例如上文中展示第10001页。该场景下的K非常大,内存中可能无法缓存大小为K的堆,也就无法使用上述方式获得查询结果。即便内存充裕,由于维护堆的操作访存是乱序的,当堆非常大时,经典TopK算法的访存效率较差,最终的性能表现也差强人意。

PolarDB IMCI最初也采用了上述方式来实现这样的查询,并在内存不足以缓存大小为K的堆时,退化为全表排序后取相应位置的记录,所以在深翻页时的性能表现也不是非常理想。为此,我们分析了深翻页场景的特点和传统方案存在的问题,并调研了相关研究和工业界实现,重新设计了PolarDB IMCI的Sort/TopK算子。在测试场景中,重新设计的Sort/TopK算子显著提升了PolarDB IMCI在深翻页场景的性能表现。


2.业界方案调研

TopK是一个非常经典的问题,存在多种方案来高效地实现TopK查询,这些方案的核心都在于减少对非结果集数据的操作。已经在工业界中应用的方案主要有如下三种:

2.1 基于Priority Queue的TopK算法

在背景部分已简单介绍,不再赘述。

2.2 归并排序时基于offset和limit做truncate

当内存不足以缓存大小为K的Priority Queue时,一些数据库会使用归并排序来处理TopK查询(如PolarDB IMCI,ClickHouse,SQL Server,DuckDB)。因为TopK查询只需要获取排在第[offset, offset + limit)位的记录,所以在每一次merge sorted run时,不需要对所有数据做排序,而是仅输出长度为offset + limit的新的sorted run即可。上述merge时的truncation可以在保证结果正确性的同时减少对非结果集数据的操作。

image.png

2.3 Self-sharpening Input Filter

该方案最初是在Goetz Graefe的论文中提出的,ClickHouse目前采用了这种方案。该方案在执行过程中会维护一个cutoff value,并且保证大于cutoff value的记录一定不会出现在TopK的结果集中。在生成new sorted run时,方案会使用当前的cutoff value对数据进行过滤。在生成new sorted run之后,如果K小于new sorted run的长度,则会使用new sorted run中第K条记录替换当前cutoff value。由于new sorted run中的数据都是经过old cutoff value过滤的,因此必定有new cutoff value <= old cutoff value,即cutoff value是一个不断sharpening的值。最后只需要合并这些过滤后的sorted run即可得到结果集。

通过一个简单的例子来说明上述算法:假设当前TopK查询中K=3,读取第一批数据后生成的sorted run为(1, 2, 10, 15, 21),则cutoff value更新为10。接下来使用cutoff value=10过滤第二批数据,生成的第二个sorted run为(2, 3, 5, 6, 8),则cutoff value更新为5。然后读取并过滤第三批数据,生成的第三个sorted run为(1, 2, 3, 3, 3),则cutoff value更新为3。依此类推,不断sharpen cutoff value从而在接下来过滤更多的数据。

如果TopK查询中K大于单个sorted run的长度,该方案会积累足够的sorted run(包含的记录数量大于K),然后对这些sorted run提前进行merge,从而获得cutoff value。接下来会使用cutoff value进行过滤并继续积累足够的sorted run,从而获得更小的cutoff value,依此类推。整个执行过程和K小于单个sorted run的情况是类似的,区别在于需要merge足够的sorted run才能获得cutoff value。

image.png


3.问题分析

深翻页是TopK问题中一个较为特殊的场景,特殊之处在于所求的K特别大,但实际结果集很小。例如上文中展示第10001页的例子,对于ORDER BY column LIMIT 1000000, 100,K=1,000,100,但最终结果集只包含100条记录。该特点会给上一节中所述方案带来如下挑战:

  • 当内存充足时,如果采用基于Priority Queue的TopK算法,则需要维护一个非常大的Priority Queue,队列操作对内存的访问操作是乱序的,访存效率较差,影响算法实际运行的性能。
  • 当内存不足时,如果使用归并排序并基于offset和limit做truncate,则在归并排序的前期阶段,sorted run的长度可能小于offset + limit,无法进行truncate,所有数据都将参与排序,truncate的实际效果受到影响。

注:本文中的内存充足指的是,算法中用于管理至少K条记录的数据结构可以在执行内存中缓存,而不是TopK查询的输入数据可以在执行内存中缓存。实际上本文讨论的场景,TopK查询的输入数据都是远大于执行内存的。

另外,从系统设计的角度上看,设计深翻页的解决方案时还应考虑如下两点:

  • 是否采用不同方案来实现深翻页和浅翻页?如果需要使用不同的方案来处理两种场景,如果判断深浅翻页的界线?
  • 如何根据可用执行内存的大小自适应地选择内存算法或磁盘算法?


4.方案设计

4.1 总体设计

综合上述调研和分析,我们基于现有的成熟方案,针对深翻页带来的挑战,重新设计了PolarDB IMCI的Sort/TopK算子:

内存充足时:

  • 采用Self-sharpening Input Filter的设计,避免访存效率的问题。
  • 并在此基础上利用SIMD指令提升过滤效率。
  • 深浅翻页均采用该内存算法,不需要判断深浅翻页的界线。

内存不足时:

  • 采用归并排序时基于offset和limit做truncate的方案。
  • 并在此基础上利用ZoneMap在归并排序的前期阶段做pruning,尽可能地减少对非结果集数据的操作。

动态选择内存磁盘算法不依赖固定的阈值来选择使用内存算法或磁盘算法,而是在执行过程中根据可用执行内存的大小,动态调整所用算法。

由于Self-sharpening Input Filter和归并排序时基于offset和limit做truncate的方案在上一节中已经介绍,因此接下来仅介绍选择这两种方案的原因,并介绍利用SIMD指令提升过滤效率、利用ZoneMap做pruning以及动态选择内存磁盘算法的部分。


4.2 SIMD Accelerated Self-sharpening Input Filter

在内存充足时,我们直接采用了Self-sharpening Input Filter的设计,主要基于两个原因:

  • Self-sharpening Input Filter不管是使用cutoff value进行过滤,还是pre-merge,访问内存的模式都是顺序的,可以避免Priority Queue访存效率的问题。
  • 该设计无论翻页深浅都具有优异的性能,在应用时不需要考虑深浅翻页的界线。

实际上,Self-sharpening Input Filter在某种程度上和基于Priority Queue的算法是类似的,cutoff value类似堆顶,都用于过滤后续读取的数据,两者的不同之处在于,基于Priority Queue的算法会实时更新堆顶,而Self-sharpening Input Filter则将数据积累在sorted run中,以batch的方式更新cutoff value。

使用cutoff value进行过滤是Self-sharpening Input Filter中很重要的过程,涉及数据比较,操作简单重复但非常频繁,因此我们使用SIMD指令来加速这一过程。由于使用cutoff value过滤和TableScan中使用Predicate过滤是类似的,因此在具体实现中我们直接复用处理Predicate的表达式,提升过滤的效率,减少了计算TopK的时间。


4.3 Zonemap-based Pruning

在内存不足时,我们采用归并排序,并基于offset和limit做truncate,主要原因如下:

  • 如果在内存不足时继续使用Self-sharpening Input Filter的设计,那么就需要将积累的sorted run落盘,并且在pre-merge时同样使用外排序算法,产生大量的读写磁盘的操作,相对于内存充足场景下的Self-sharpening Input Filter有额外的开销。当K非常大时,pre-merge时的外排序可能还会涉及大量非结果集数据,因为我们最终只需要获取排在第[offset, offset + limit)位的记录,而不关心排在第[0, offset)位的记录。
  • 在这种场景下,我们可以使用归并排序,在生成sorted run的阶段仅将sorted run落盘,然后使用统计信息进行pruning,避免不必要的读写磁盘的操作,也可以尽可能地避免对非结果集数据的操作。

我们以下图为例来说明使用统计信息进行pruning的原理。下图中,箭头表示数轴,代表sorted run的矩形的左右两端在数轴上对应的位置表示sorted run的min/max值,Barrier表示pruning所依赖的一个阈值。

image.png


任意一个Barrier可以将所有sorted run分为三类:

  • 类型A:min value of sorted run < Barrier && max value of sorted run < Barrier,如上图中Run1,Run2。
  • 类型B:min value of sorted run < Barrier && max value of sorted run > Barrier,如上图中Run3。
  • 类型C:min value of sorted run > Barrier && max value of sorted run > Barrier,如上图中Run4,Run5。

对于任意一个Barrier,如果类型A和类型B中的数据量 < TopK查询中的offset,那么类型A中的数据必然排在第[0, offset)位,类型A中的sorted run可以不参与后续的merge。

对于任意一个Barrier,如果类型A中的数据量 > TopK查询中的offset + limit,那么类型C中的数据必然排在第[offset + limit, N)位,类型C中的sorted run可以不参与后续的merge。

根据上述原理,使用统计信息进行pruning的具体流程如下:

  • 构建包含sorted run的min/max信息的Zonemap。
  • 基于Zonemap寻找一个尽可能大的Barrier1满足类型A和类型B中的数据量 < TopK查询中的offset。
  • 基于Zonemap寻找一个尽可能小的Barrier2满足类型A中的数据量 > TopK查询中的offset + limit。
  • 使用Barrier1和Barrier2对相关sorted run进行pruning。

4.4 动态选择内存磁盘算法

我们的方案中内存算法和磁盘算法不同,如果使用一个固定的阈值来作为选择内存算法或磁盘算法的依据(比如K小于阈值时使用内存算法,否则使用磁盘算法),那么针对不同的可用执行内存就需要设置不同的阈值,带来了人工干预的开销。

因此我们设计了一个简单的回退机制,可以在执行过程中根据可用执行内存的大小,动态调整所用算法:

  • 无论可用执行内存有多大,首先尝试以内存算法计算TopK
  • 在内存算法的执行过程中,如果内存始终都是充足的,那么直接使用内存算法完成整个计算过程
  • 在内存算法的执行过程中,如果出现内存不足的情况(例如,K比较大时,可用执行内存不足以缓存足够的sorted run使其包含的记录数量大于K,或者可用执行内存不足以完成pre-merge的过程),那么执行回退机制
  • 回退机制:采集内存中已积累的sorted run的min/max信息,以便于后续使用Zonemap进行pruning,然后将sorted run落盘,这些sorted run将会参与磁盘算法的计算过程
  • 执行完回退机制后,使用磁盘算法完成整个计算过程

由于内存算法和磁盘算法采用相同的数据组织格式,因此回退机制并不需要对数据进行重新组织,开销较小。另外,内存算法只会过滤非结果集的数据,因此直接使用内存算法已积累的sorted run参与磁盘算法的计算过程不会有正确性的问题。


4.5 番外1:延迟物化

延迟物化是一个工程实现方面的优化,指的是在生成sorted run时仅物化RowID和ORDER BY相关的表达式(列),在计算出TopK的结果集后,再根据结果集中的RowID从存储上获取查询需要输出的列。延迟物化相比于在生成sorted run时就物化查询需要输出的所有列有两个优势:

  • 物化RowID的空间占用更小,在可用执行内存一定的情况下,可以使用内存算法处理更大的数据量
  • 计算TopK的过程需要调整数据顺序,涉及对数据的Copy/Swap。如果在生成sorted run时就物化查询需要输出的所有列,则计算过程中对一条记录的Copy/Swap需要对每一列都进行相应操作,带来很大的overhead。而如果仅物化RowID,则可以降低Copy/Swap的代价。

延迟物化的不足之处在于根据结果集中的RowID从存储上获取查询需要输出的列时,可能会产生一些随机IO。根据我们的分析,深翻页场景虽然K特别大,但实际结果集很小,因此使用延迟物化时随机IO产生的overhead较小。


4.6 番外2:计算下推

应用Self-sharpening Input Filter时,我们会将不断更新的cutoff value下推至table scan算子,作为SQL中一个新的predicate,在table scan算子获取数据时根据这个新的predicate,复用pruner对pack(或称为row group)进行过滤。

计算下推可以从两个方面提升TopK查询的性能:

1. 减少IO:table scan时避免读取仅包含非结果集数据的pack/row group2. 减少计算:被过滤的pack/row group中的数据将不再参与table scan上层算子的后续计算


5.实验结果

我们在 TPC-H 100G 的数据集上对我们的方案进行简单的验证:

select    l_orderkey,    sum(l_quantity)from    lineitemgroup by    l_orderkeyorder by    sum(l_quantity) desclimit    1000000, 100;


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